O Ensino Fundamental do Cap-Iserj tem duração de 9 (nove) anos e é gratuito, iniciando-se aos 6 (seis) anos de idade. Seu objetivo atende a legislação em vigor e visa a formação básica do cidadão. É organizado em Anos Iniciais, do 1º ao 5º ano, e Anos Finais do 6º ao 9º ano.

O ingresso no Iserj se dá através de concurso normatizado por Edital publicado e publicizado pela Faetec.