Em 1998, o Instituto de Educação do Rio de Janeiro (Ierj) foi transformado em Instituto Superior de Educação do Rio de Janeiro (Iserj), conquistando, no mesmo ano, a autorização para o funcionamento do curso Normal Superior, que teve início em 1999. Desta maneira, o Iserj inaugura a história da Educação Superior na Rede Faetec.

O credencimento do Iserj para oferta de curso superior veio de encontro à vocação histórica da instituição na formação de profissionais de excelência na área de Educação.

Reconhecido por sua histórica Escola Normal, em 1999, o Iserj passou a oferecer o curso Normal Superior, a fim de contemplar as modificações instituídas pela Lei de Diretrizes e Bases (LDB 9394/96), em 1996. A LDB determinou que, para atuar na Educação Básica, os docentes deveriam ter formação em nível superior, em curso de licenciatura, de graduação plena, realizado em universidades e institutos superiores de educação.

Já em 2009, o Iserj obteve autorização junto ao Conselho Estadual de Educação (parecer CEE nº 010/2009) para transformar seu curso Normal Superior em Licenciatura em Pedagogia, curso de graduação plena.

Desde 2012, o Iserj também oferece cursos de Pós-Graduação Lato Sensu. O curso de Metodologias do Ensino de Ciências Naturais está em sua terceira turma e, no segundo semestre de 2014, deu início a Pós-Graduação Lato Senso em Educação Museal, em parceria com os Museus Castro Maya e o Museu da República.

Desta maneira, o Iserj vem seguindo na trajetória de contribuir para a formação profissional de docentes, e se constitui como local privilegiado, pois seu Colégio de Aplicação (Cap-Iserj) oferece Educação Infantil, Ensino Fundamental, Ensino Médio, Educação Especial e Ensino de Jovens e Adultos, tornando-se assim, um laboratório para a prática pedagógica supervisionada dos professores em formação.